En el film anterior, se había conseguido derrotar a un nuevo Godzilla gracias a un gigantesco robot muy similar al monstruo: el Mechagodzilla o Kiryu, que ahora está en proceso de reparación. Mientras tanto, las diminutas gemelas de la Isla Infante (hogar de Mothra) proporcionan al doctor Chujo una información de vital importancia: Kiryu ha sido construido con los huesos del Godzilla original, y el espíritu del monstruo no descansará hasta que sus restos regresen al mar. Chujo se pone en contacto con el Gobierno para que destruyan el proyecto Kiryu, porque Mothra, en cuanto reaparezca Godzilla, defenderá de nuevo el Japón, pero ministros y militares desoyen la advertencia. Y el gigante verde vuelve a aparecer en Tokio, desatando una oleada de destrucción. Pronto tendrá lugar el enfrentamiento entre Godzilla y Mothra, que cuenta con la ayuda del robot gigante, aunque no está totalmente reparado.

Después de ocho años en la cárcel por haber matado a su esposa, a la que encontró en la cama con otro hombre, Takuro Yamashita sale en libertad condicional. Cuando estaba en la prisión captura una anguila, que se convierte en su mascota y única compañera. Yamashita se establece en una pequeña población a las afueras de Tokio y regenta una barbería, presidida por un aquario en el que nada su anguila. Un día conoce a Keiko Hattori, una joven que intenta suicidarse y que le recuerda a su esposa. Poco a poco se van conociendo y terminan enamorándose. Cuando la vida comienza a sonreirle, se encuentra con un antiguo compañero de cárcel. Yamashita comprende que toda la lucha por convertirse en un hombre nuevo podría desmoronarse si su pasado es revelado. Sobre todo, teniendo en cuenta el interés de los excéntricos habitantes del pequeño pueblo, por conocer más del nuevo barbero.

Un hombre de mediana edad que tiene todo lo que puede desear (una buena casa, una mujer que le quiere y unos hijos encantadores) descubre una nueva pasión que ocultará a todos: el baile.

En los años 50, la capital de Japón fue atacada y casi destruida por Godzilla. Desde entonces, Japón ha disfrutado de un gran periodo de paz, pero esa paz se ve alterada cuando un submarino del ejército japonés detecta una extraña silueta en el fondo del mar que recuerda a Godzilla. Nadie acepta tal posibilidad, excepto el Comandante Tachibana quien, en su niñez, fue testigo del ataque de Godzilla, por lo que no descarta el regreso del monstruo atómico.

Mothra viaja al pasado, en un último intento, por derrotar al poderoso monstruo que amenaza con destruir Japón.

Para proteger el país del monstruo Godzilla, el gobierno japonés crea un robot gigante pilotado por seres humanos: Mekagodzilla, un símil del propio monstruo. Para ello utilizan el esqueleto del Godzilla original, que atacó por primera vez en 1954.

Una mujer empieza a trabajar en una oficina de impuestos. Su primer caso será investigar a todo un especialista en evadir impuestos. La historia se complicará por la simpatía que le despierta el supuesto delincuente.

Los Xillian, una raza alienígena, inicia la invasión de la Tierra, primero mediante engaños y después abiertamente, sirviéndose de un pequeño ejército de monstruos gigantes. Solo un grupo de resistencia formado por miembros de la EDF (Earth Defense Force) podrá hacerles frente. Pero para derrotar a los monstruos deberán despertar de su letargo en la Antártida a la peor amenaza que jamás haya conocido la humanidad, pero que ahora podría ser la última esperanza de salvación: el Rey de los Monstruos, Godzilla.

El Dr. Shiragami combina el DNA de rosas con DNA extraido de células de Godzilla. El nombre de su creación: "Biollante".

El organismo de lucha contra Godzilla encarga la construcción de Mogera, un monstruo gigante que tiene como objetivo contrarrestar los ataques de Godzilla. Sin embargo la llegada a la Tierra de un poderoso Godzilla Espacial se convierte en una amenaza superior al Godzilla original. Cuando el Godzilla espacial secuestra al Hijo de Godzilla, Mogera y Godzilla original se alían para vencer al villano.

Las Naciones Unidas reúnen la última arma para derrotar a Godzilla, mientras que los científicos descubren un huevo de pteranodon fresco en una remota isla japonesa.

Deux événements historiques qui ont approfondi l’amitié entre le Japon et la Turquie sont liés dans le film. Le 16 septembre 1890, le frégate turc Ertuğrul fait naufrage au large des côtes du Japon. Les populations locales réussissent néanmoins à sauver 69 personnes grâce à des mesures exceptionnelles de sauvetage en mer. En 1985, pendant la guerre Iran-Irak, l'Irak annonce son intention d'attaquer l'Iran. Plus de 300 Japonais se trouvent alors en Iran. La Turquie propose d'évacuer les Japonais. Cette histoire d’amitié et de compassion a été nominé pour le prix du cinéma décerné par la Japan Academy dans dix catégories, dont celles du meilleur film et du meilleur réalisateur, et a remporté le prix du meilleur enregistrement sonore et de la meilleure direction artistique.

En su búsqueda de alimento radioactivo, Godzilla ha destruido ciudades y plantas nucleares Japonesas a lo largo de la segunda mitad del siglo XX. Para detenerlo, se creó el Cuartel G-War, un centro de investigación apoyado por el equipo de combate G-Graspers. Su última arma, el Dimension Tide, tiene como objetivo encerrar a Godzilla en el interior de un Agujero Negro.

Yoko es una famosa actriz que decide ir a un chalet situado en la montaña para tomarse unos días de descanso. Allí, descubrirá un secreto sobre su compañero Toyoko...